Il est désormais scientifiquement établi que la digestion anaérobie améliore sensiblement le degré hygiénico-sanitaire des matrices en entrée, aussi bien en conditions de thermophilie (température de 50-55°C) que de mésophilie (température 37-40°C). Dans ce dernier cas, en dépit des craintes manifestées par l'opinion publique, le degré hygiénico-sanitaire est amélioré, y compris celui des déjections zootechniques en entrée, considérées comme les matrices les plus contaminées par excellence.